コンシューマーヘルスケアの担い手として

その年、一般用医薬品部門では、7月に「ハイチオールC」をリニューアルし、大幅に売上をのばしました。錠剤の小型化を図り、一日１２錠から６錠へ変更したのを機に、「しみ・そばかす」効能の訴求に切り替え、生活者ニーズとマッチして、新たな市場を創造しました。

平成11年（1999年）3月、一般用医薬品の規制緩和により新たに15製品群が新医薬部外品となり、当社では、「エスカップ」「エスカップEC」「エスカップDX」をコンビニエンスストアなどで販売開始。かねてからのエスカップ増産プロジェクトにより、解禁当初の受注量が多い中、当社は競争優位に立つことができました。
平成13年（2001年）、日本ベーリンガーインゲルハイムの持ち株比率は50%を超え、エスエス製薬は、ベーリンガーインゲルハイムの一員となりました。これにより、従来からの協調関係が更に強固となり、シナジー効果を生み出す基盤が確立されました。

平成15年には他社との差別化を可能とする新製品、新スイッチOTC水虫薬「アトラントエース」、新効能OTC睡眠改善薬「ドリエル」、新剤形OTC外用消炎鎮痛剤「インサイドテープ」を相次いで発売。

特に「ドリエル」はOTC薬で国内初となる「不眠」に対する効能を取得した薬として話題となり、売上も当初計画を大きく上回りました。また、厳しい環境下、「選択と集中」「専門性と競争力」の考え方を推し進め、平成17年（2005年）には、医療用医薬品事業を分割譲渡し、コンシューマーヘルスケア分野に特化した企業へと生まれ変わりました。

そして平成22年（2010年）、エスエス製薬はベーリンガーインゲルハイムの完全子会社となり、新製品開発や人材開発、マーケティング・流通・営業戦略などの分野において更に相乗効果を発揮する機会を得ることが可能となりました。
平成23年（2011年）には、ベーリンガーインゲルハイム ジャパングループとして新体制がスタート。日本の事業統括会社となるベーリンガーインゲルハイム ジャパン株式会社のもと、国内の同グループ企業が同じ価値を持ち、共に成長することを目指して組織されました。
同年3月に発生した東日本大震災では工場が被災しましたが、震災直後から経営陣・社員が一丸となって被災地及び被災社員をサポートしました。さらにベーリンガーインゲルハイムグループ全体からも支援を受け、この危機を乗り越えました。

一方、グローバル企業の一員となり、取り組みを加速させてきた新製品開発が実を結び、同年「アレジオン10」を発売しました。ベーリンガーインゲルハイムが開発した医療用医薬品成分エピナスチン塩酸塩を日本で初めてOTC医薬品に配合。「効き目が高く、眠くなりにくい、服用は１日１回1錠」と差別化の図れる製品で、生活者のセルフメディケーションに大きく貢献しました。

そして平成27年（2015年）、当社は創業250年を迎えました。